Description du poste

BIOASTER est l’unique Institut de Recherche Technologique dans le domaine de la santé en France. Dédié à l’infectiologie et à la microbiologie, il rassemble les compétences de l’industrie et de la recherche publique pour répondre aux enjeux de santé liés aux maladies infectieuses.
Fondation de Coopération scientifique dotée d’infrastructures et de moyens propres, l’IRT BIOASTER s’inscrit résolument dans une optique de développement économique et industriel, créatrice de richesses et d’emplois.

Mission                                                                                     

Le poste est rattaché à l’unité de management et d’analyse de données de BIOASTER. L’unité a pour mission de fournir les solutions d’hébergement, de gestion et d’analyse des données générées par les projets de l’Institut. Elle s’appuie sur l’infrastructure, le savoir-faire et l’expertise du Centre de Calcul de l’IN2P3 dans le domaine du traitement des données issues de la physique des hautes énergies.

Les missions du poste sont :

–    Contribuer à la conception, au déploiement, à la maintenance et à l’évolution d’un système de traitement de données bio-informatiques et biomédicales à l’usage des projets de BIOASTER, conformément aux règles de sécurité en vigueur et des engagements pris envers nos partenaires.

–    Implémenter l’infrastructure des services nécessaires au fonctionnement des applications bio-informatiques (gestion des utilisateurs, des droits, etc.), et en assurer l’intégration avec l’infrastructure de BIOASTER déployée au Centre de Calcul de l’IN2P3, à Villeurbanne.

–    Contribuer à la collection, l’intégration et la redistribution des données scientifiques entre applications ou entre services applicatifs avec les experts de BIOASTER.

–    Etre l’interlocuteur principal et privilégié de l’Unité pour le service informatique de l’Institut, en charge de l’administration des systèmes.

Activités

–   Estimer en collaboration avec le coordinateur et avec les autres membres de BIOASTER les besoins en calcul, en stockage, et en tous moyens informatiques nécessaires pour le traitement des données des projets.

–   Implémenter, maintenir et faire évoluer des services communs (par exemple la gestion des utilisateurs et de leurs droits) en implémentant des composants logiciels réutilisables (assurant par exemple l’échange de données ou l’interopérabilité entre solutions applicatives).

–   Mettre en œuvre tous les moyens d’évaluation du bon fonctionnement et de supervision de la plateforme, tels que la mise en place d’indicateurs, d’outils de monitoring et d’alarmes.

–   Assurer le suivi et l’évolution des infrastructures de stockages et de traitement des données scientifiques au CCIN2P3.

–   Participer à la conception et à la mise en œuvre des moyens de transferts massifs de données entre trois sites : BIOASTER Lyon, BIOASTER Paris (Pasteur) et le CCIN2P3.

–   Epauler, sur le plan technique, l’équipe interne en charge des développements.

–   Réaliser la veille technologique dans son domaine de compétence.

 

PROFIL
 Compétences 

–   Formation supérieure informatique ou bio-informatique, Bac + 5, école d’ingénieur ou équivalent, avec 3/5 ans d’expérience dans une fonction similaire en milieu industriel ou PME ou académique,

–   Connaissance des procédures de sécurité et de qualité informatique,

–   Connaissance des méthodes de gestion des projets informatiques,

–   Connaissances des outils d’administration de services ou de machines (Ansible, Chef, Puppet…)

–   Maîtrise des systèmes d’identification, d’authentification et d’autorisation des utilisateurs (Kerberos, LDAP, Shibboleth, AD…), ainsi que de leur implémentation dans des frameworks Web,

–   Maîtrise des environnements virtualisés, plus particulièrement VMware et OpenStack

–   Maîtrise des langages de script Bourne Shell, Python,

–   Connaissance de frameworks Web (Symfony, Django, Struts…),

–   Maîtrise des fondamentaux du réseau (TCP/IP) et du système Linux,

–   Maîtrise des fondamentaux des systèmes de stockage (RAID, clustered FS, SAN, NAS…),

–   Connaissance des problématiques de transfert de fichiers (FTP/SFTP, SCP, RSYNC…),

–   Connaissance générale des applications et des techniques de calcul et de traitement de données mises en œuvre dans le domaine biomédical ou bio-informatique et opérant dans des Cloud et un contexte HPC/données massives.

–   Compétences additionnelles bienvenues dans les technologies associées au BigData (par exemple Swift, Hadoop, MongoDB, Virtuoso…) afin de préparer et accompagner les prochaines évolutions techniques requises par les projets de l’Institut.

Qualités personnelles

–   Très bonne connaissance du français et anglais courant.

–   Haut niveau d’autonomie et d’initiative.

–   Forte capacité d’adaptation.

–   Capacité de travail en équipe.

 

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